Wikiに書き込むと、自動で黄色いハイライトがついて？マークがつきますが、
どういう意味でしょうか？　また、つかないようにすることはできますでしょうか？

WikiNameのことかと思います。WikiNameは大文字小文字を混ぜた英字列で、PukiWkiではページ名として扱われてしまいます。　該当するページがないと？マーク付きで表示されます。WikiNameを抑制した方が良いのでしたら、そのように設定します。抑制した場合には、AutoLink機能が働かなくなるので、リンクは[[ほげほげ]]のように書く必要があります。