SADを使って、ビームのマッチングをしたいと思っています。
とりあえず、Kentaro Haradaさんの書いている掲示板を読んでみました。
http://acc-physics.kek.jp/cgi-bin/SAD-BBS/wforum.cgi?no=71&reno=65&oya=63&mode=msgview
質問ですが、このプログラムでの初期のビームはどのようになっているのでしょうか？
おそらく、すべての位相空間でアップライトな粒子分布ではないですか？
（ちがってたらごめんなさい。）

私は、ある傾きを持った粒子分布（AX、AY≠0）から出発して、
特定の値にマッチしたビームを作りたいと思っています。
どのようにラティスを構成すれば良いか、
SADで計算する方法を教えてください。

よろしくお願いします。

入り口と出口の粒子分布が定められた状況で、その間を結ぶビームトランスポートを
設計するということでしょうか？

基本的には、入り口での分布に対応するOptics Function[α、β、γ、R1〜4、ηx、ηy、ηx'、ηy']と
Emittance[εx、εy、εz]をビームラインの先頭にあるMARKER elementに与え、
ビームラインの終端でのマッチング条件としてその場所での分布に対応するOptics Functionを与え
GOでマッチングすれば良いと思います(INSで計算しないと意味がありません)
実際にマッチングが成功するかどうかは、ビームラインに十分な自由度があるかどうかにかかっています

　　ラティスの構成方法は変わりません。森田氏の仰るように、初期値の
トゥイスパラメータを与えて「ins」で計算します。
　　たとえば、
AXI -1;
BXI 10;
AYI -2;
BYI 10;
EXI 0;
EPXI 0;
などで初期値が与えられます。または、きちんと MARK 要素の中に埋め込んで
おけばよいです。Do[] や If[] など、FFS 上の関数内で行うときは、

たとえば、

MOMENTUM=0.005GEV;
MARK
MKST = ()
MKED = ()
;
DRIFT
L1 = (L = 1)
;
QUAD Q1 = (L=.2)
;
LINE
TEST = (MKST
L1 Q1 L1
MKED)
;
ON LOG;
ON RAD FLUC COD RFSW RADCOD;

FFS;

$FORM = "15.10";
PageWidth = 1999;

USE TEST;

ins calc;

FFS["AXI -1;"];
FFS["BXI 10;"];

FFS["fit BX 5;"];
FFS["free Q1;"];
FFS["go;",6];
FFS["disp;",6];

など、FFS[]で囲ってください。MARKに値を入れるには、

LINE["AX","MKST"] = -1;
LINE["BX","MKST"] = 10;

FFS["fit BX 5;"];
FFS["free Q1;"];
FFS["go;",6];
FFS["disp;",6];

でも同じことです。