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SubjectSADインストールの質問(VMware player+Scientific LINUX 4.5)
Article No905
Date: 2011/04/16(Sat) 16:28:33
Contributor飯沼裕美 < >
こんにちは。インストールに関する質問です。
Windows VISTAにVMware player をインストールし、
Scientific Linux 4.5ベースにした環境で作業しています。
(すでに、VirtualBoxとUbuntu設定のマニュアルが出ていますが、
もともと自分のPCでGEANT4を使っていたので上記の環境だった。)
一応、以下のように設定しました:
http://www-geant4.kek.jp/g4users/g4tut07/install-win.html

uname -a の結果は
Linux localhost.localdomain 2.6.9-55.EL #1 Thu May 3 23:04:51 CDT 2007 i686 i686 i386 GNU/Linux


ダウンロードしたsadは
oldsad-snapshot-2011-04-15.tar.gz
です。
sad.conf の中身、SAD_ROOT=/opt/SAD-***の日付を合わせて、
make allを試したのですが、おそらく、最後の方で止まってしまい、
いくら待ってもウンともスンとも言いません。
以下に、止まってしまう部分の表示を示します。

------------------------snip------------------

sed -e "s,xSADROOT,/home/hiromi/SAD/oldsad-snapshot-2011-04-15,g" \
-e "s,xSAD_SHARE_ROOT,/home/hiromi/SAD/oldsad-snapshot-2011-04-15,g" \
-e "s,xScriptDirectory,script,g" \
-e "s,xMODROOT,\"/opt/SAD-snapshot-2011-04-15/share/Extension\",g" \
-e "s,xFONT_SYSTEM,\"Xlib\",g" \
/home/hiromi/SAD/oldsad-snapshot-2011-04-15/src/init.local.n.in >/home/hiromi/SAD/oldsad-sna pshot-2011-04-15/Packages/init.local.n
sed -e "s,xSADROOT,/home/hiromi/SAD/oldsad-snapshot-2011-04-15,g" \
-e "s,xSAD_SHARE_ROOT,/home/hiromi/SAD/oldsad-snapshot-2011-04-15,g" \
-e "s,xSAD_ARCH_ROOT,/opt/SAD-snapshot-2011-04-15/arch,g" \
-e "s,xSAD_EXE_ROOT,/home/hiromi/SAD/oldsad-snapshot-2011-04-15/obj,g" \
-e "s,xSADEXE,sad1.exe,g" \
/home/hiromi/SAD/oldsad-snapshot-2011-04-15/src/gs.in >/home/hiromi/SAD/oldsad-snapshot-011-04- 15/bin/gs && chmod 755 /home/hiromi/SAD/oldsad-snapshot-2011-04-15/bin/gs
mkdir -p /home/hiromi/SAD/oldsad-snapshot-2011-04-15/Documents/example
(cd /home/hiromi/SAD/oldsad-snapshot-2011-04-15/Documents/example ; \
/home/hiromi/SAD/oldsad-snapshot-2011-04-15/bin/gs /home/hiromi/SAD/oldsad-snapshot2011-04-15/s cript/design_example.sad > /home/hiromi/SAD/oldsad-snapshot-2011-04-15/script/design_example.sad.res ult ; rm -f a fort.9)
--------------------------------------------------
ここで止まり、何時間待っても何も起こらず。
topで確認すると、CPUが凍っている訳ではなさそうです。

アドバイスを頂けると幸いです。
質問の仕方が不十分であればご指摘ください。
よろしくお願いします。
飯沼裕美
P.S.SADマシーンにアカウントを頂いているので勉強はできます。

SubjectRe: SADインストールの質問(VMware player+Scientific LINUX 4.5)
Article No906
Date: 2011/04/17(Sun) 22:52:27
Contributork.h.
  最後の行は、gs(SAD の呼び出しスクリプト)に、design_example.sad という
SADスクリプトを実行するコマンドです。単なるベンチマークというか、動作確認と
いうか、実際に sad を走らしています。ということで、コンパイルは最後まで行って
いて、エラーはないが、SAD がうまく走っていない(呼び出せていない)、という
状態のように思われます。このままだと、結果を表示せず、リダイレクトでファイルに
落としているので、エラーも見えないです。(何かライブラリが見つからない、とか、
yes no で訊いてきているとか、それで止まっていても、凍っている感じになって
しまします。) まずは、結果をファイルに落とすのをやめて、
/home/hiromi/SAD/oldsad-snapshot-2011-04-15/bin/gs /home/hiromi/SAD/oldsad-snapshot2011-04-15/s cript/design_example.sad
と直接実行し、何のエラーか見てみましょう。(でなかったら、gs を単独で呼び出して
みるとか、自分のスクリプトを走らせてみるとか。) エラーが出た場合、sad1.exe が
あるか、path が通っているか、実行可能パーミッションになっているか等チェックして
みたらどうでしょうか。全て問題なく、SAD は呼び出せていて、init.n も走って、
それでどこかのコマンドでエラーが出ているなら、それは森田さんの領域(?)なので、
是非、1号館に行って訊いてみましょう。
  では。

Subjectまだ解決せず:Re^2: SADインストールの質問(VMware player+Scientific LINUX 4.5)
Article No909
Date: 2011/04/24(Sun) 15:14:42
Contributor飯沼裕美 < >
k.h. 様

アドバイスをありがとうございます。
解決していませんが、情報は少し増えました。
gs単独では動いているようですが、ものすごく単純は入力ファイルでさえ、読めない模様です。
以下に、試した事柄を示します。(ダラダラ書いてあるので恐縮です)

> まずは、結果をファイルに落とすのをやめて、
> /home/hiromi/SAD/oldsad-snapshot-2011-04-15/bin/gs /home/hiromi/SAD/oldsad-snapshot2011-04-15/s cript/design_example.sad
> と直接実行し、何のエラーか見てみましょう。

はい、やってみました。
======================================================
[hiromi@localhost oldsad-snapshot-2011-04-23]$ bin/gs script/design_example.sad
*** Welcome to SAD Ver.1.0.10.4.13a20 built at 2011-04-24 09:29:30 +0900 ***
*** Today: 14:50:58 Sunday 04/24/2011 ***
cpu time= 1.0997E-02(sec) dt= 10.997(msec) free area:: 1794
OFF LOG ECHO;READ 77 ; 23
cpu time= 1.0997E-02(sec) dt= 10.997(msec) free area:: 1794
cpu time= 1.0997E-02(sec) dt= 10.997(msec) free area:: 1794
*** main *** syntax error: invalid input for toplvl 77
cpu time= 1.0997E-02(sec) dt= 10.997(msec) free area:: 1794
cpu time= 1.0997E-02(sec) dt= 10.997(msec) free area:: 1794
=========================================================
で止まってしまいます。
FFS; と打つと、一応、以下のように続きます:
=========================================================
FFS;
*** SADScript Initialization: /home/hiromi/SAD/oldsad-snapshot-2011-04-23/Packages/init.n ***
RFSW RADCOD RAD FLUC INTRA POL COD DAPER EMIOU CMPLO FOURI SMEAR
F F F T F F T F F F F T
Design orbit length = 1.00000000000000
In[1]:=
================================================================
ここで、abort とすれば、終了できます。
以下の一文はエラーっぽいですが、、、
*** main *** syntax error: invalid input for toplvl 77
何が悪いのか、ヒントになるのかすら、私には分かりません。


>(でなかったら、gs を単独で呼び出して
> みるとか、自分のスクリプトを走らせてみるとか。)

これもやってみました。そして、FFS;と続けて打った結果を以下に示します。
=======================================
[hiromi@localhost oldsad-snapshot-2011-04-23]$ bin/gs
*** Welcome to SAD Ver.1.0.10.4.13a20 built at 2011-04-24 09:29:30 +0900 ***
*** Today: 14:58:01 Sunday 04/24/2011 ***
cpu time= 1.5997E-02(sec) dt= 15.997(msec) free area:: 1794
FFS;
*** SADScript Initialization: /home/hiromi/SAD/oldsad-snapshot-2011-04-23/Packages/init.n ***
RFSW RADCOD RAD FLUC INTRA POL COD DAPER EMIOU CMPLO FOURI SMEAR
F F F T F F T F F F F T
Design orbit length = 1.00000000000000
In[1]:=
===================================
これはSADマシーンで動かした場合と同じっぽいです。

次に、非常に簡単な FFS; とだけ書いた、ttt2.sad というファイルを書き、試しました。
すると、
=========================================================
[hiromi@localhost oldsad-snapshot-2011-04-23]$ bin/gs ttt2.sad
*** Welcome to SAD Ver.1.0.10.4.13a20 built at 2011-04-24 09:29:30 +0900 ***
*** Today: 15:01:20 Sunday 04/24/2011 ***
cpu time= 1.7996E-02(sec) dt= 17.996(msec) free area:: 1794
OFF LOG ECHO;READ 77 ; 23
cpu time= 1.7996E-02(sec) dt= 17.996(msec) free area:: 1794
cpu time= 1.7996E-02(sec) dt= 17.996(msec) free area:: 1794
*** main *** syntax error: invalid input for toplvl 77
cpu time= 1.8996E-02(sec) dt= 18.996(msec) free area:: 1794
cpu time= 1.8996E-02(sec) dt= 18.996(msec) free area:: 1794
===========================================================
で止まってしまいます。
In[1]:= という所まで行きつきませんでした。
再び、
*** main *** syntax error: invalid input for toplvl 77
が現れました。
入力ファイルを読むところでコケているのですかね?


sad1.exe はあります。ただし、SADマシーンを参照した場合の、
/.../nadata1a/SAD/arch/i386-Linux2/bin/sad1.exe ではなく、
私の場合は、
/home/hiromi/SAD/oldsad-snapshot-2011-04-23/obj/i386-Linux2/sad1.exe
となっていて微妙に場所は違いますが、実行可能になっています。

> path が通っているか、実行可能パーミッションになっているか等チェックして
> みたらどうでしょうか。全て問題なく、SAD は呼び出せていて、init.n も走って、
> それでどこかのコマンドでエラーが出ているなら、それは森田さんの領域(?)なので、
> 是非、1号館に行って訊いてみましょう。
>   では。

pathがどう通っているのが正しいのか、init.n が走っているのかどうか、
どうやって調べるのでしょうか?
どこから、森田さんのアドバイスを拝借する領域なのか・・・
そろそろパソコン持参で1号館に行く方が良いのか?

よろしくお願いします。
飯沼裕美

SubjectRe: まだ解決せず:Re^2: SADインストールの質問(VMware player+Scientific LINUX 4.5)
Article No910
Date: 2011/04/25(Mon) 10:56:52
ContributorAkio Morita
> 次に、非常に簡単な FFS; とだけ書いた、ttt2.sad というファイルを書き、試しました。
> すると、
> =========================================================
> [hiromi@localhost oldsad-snapshot-2011-04-23]$ bin/gs ttt2.sad
> *** Welcome to SAD Ver.1.0.10.4.13a20 built at 2011-04-24 09:29:30 +0900 ***
> *** Today: 15:01:20 Sunday 04/24/2011 ***
> cpu time= 1.7996E-02(sec) dt= 17.996(msec) free area:: 1794
> OFF LOG ECHO;READ 77 ; 23
> cpu time= 1.7996E-02(sec) dt= 17.996(msec) free area:: 1794
> cpu time= 1.7996E-02(sec) dt= 17.996(msec) free area:: 1794
> *** main *** syntax error: invalid input for toplvl 77
> cpu time= 1.8996E-02(sec) dt= 18.996(msec) free area:: 1794
> cpu time= 1.8996E-02(sec) dt= 18.996(msec) free area:: 1794
> ===========================================================
> で止まってしまいます。
> In[1]:= という所まで行きつきませんでした。
> 再び、
> *** main *** syntax error: invalid input for toplvl 77
> が現れました。
> 入力ファイルを読むところでコケているのですかね?
>
状況から考えて、ファイルからの入力まわりが腐ったビルドになっている。
正常なソースからのビルドであると仮定するなら、以下が疑われると思います

1. ビルド時の設定
2. ビルドに使ったコンパイラ
3. ビルド/実行に使ったOS付随のライブラリー
4. ビルド/実行に使ったOSのカーネル

MAIN trunkのコードに関しては、こちらの検証環境(gfortran 4.4.3 + MIKO GNYO Linux 4.2)では
動作しているので、設定ミスが無い限り環境依存問題ということになります

SubjectRe^2: まだ解決せず:Re^2: SADインストールの質問(VMware player+Scientific LINUX 4.5)
Article No911
Date: 2011/04/27(Wed) 06:31:41
Contributor飯沼裕美 < >
森田様

お世話になります。
どうもありがとうございます。

> 状況から考えて、ファイルからの入力まわりが腐ったビルドになっている。
> 正常なソースからのビルドであると仮定するなら、以下が疑われると思います
>
> 1. ビルド時の設定
> 2. ビルドに使ったコンパイラ
> 3. ビルド/実行に使ったOS付随のライブラリー
> 4. ビルド/実行に使ったOSのカーネル
>
> MAIN trunkのコードに関しては、こちらの検証環境(gfortran 4.4.3 + MIKO GNYO Linux 4.2)では
> 動作しているので、設定ミスが無い限り環境依存問題ということになります

正常なソースから貰っていますし、
oldsad-snapshot-2011-04-07-gcc44.patch
sad.conf
もSADのホームページからダウンロードしています。
gfortranは バージョン 4.1.1. 20070105

ただし、gcc はバージョン3(3.4.6)をデフォルトで呼ぶ設定になっています。
SADインストール時にgfortranを入れたのですが、
その際にgcc4 バージョン4(4.1.1)もくっついてきました。
これをデフォルトで呼ぶようにしないといけないでしょうね、きっと。
--> ここら辺が怪しそうなので、時間を見つけて直します。

それから、検証環境のカーネルバージョンを教えていただけないでしょうか?

もう少しだけ頑張ってみて、埒が明かない感じなら、大人しくUBUNTUを入れます。
アドバイスをどうもありがとうございました。
飯沼裕美

SubjectRe^3: まだ解決せず:Re^2: SADインストールの質問(VMware player+Scientific LINUX 4.5)
Article No919
Date: 2011/06/08(Wed) 20:18:28
ContributorAkio Morita
Scientific Linux 6.0 + gcc/gfortran(GCC 4.4.4 20100725(Red Hat 4.4.4-13))で、
amorita branch r3686が動きました