どうもまた、cvs update が不完全(-Aを付け忘れた)ことが第一原因でしたが、conf.sampleの一部に)が余計についていたとか、y.tab.cを不必要にコンパイルする可能性があった、とかの問題もあったようです。森田さんに対処していただきました。